L'objet du scandale

La thermodynamique nous apprend donc qu'un système physique tend spontanément et naturellement à se dégrader, c'est à dire à tendre vers un état homogène, indifférencié, désordonné et d'énergie minimum.

• Mais alors pourquoi, subitement, et par hasard, la matière se serait spontanément organisée de manière à former une cellule vivante et son ADN et par voie de conséquence toute la vie sur terre ?
• Pourquoi cette cellule, étincelle de vie, aurait évolué (au sens de la théorie de l'évolution) "positivement" (c'est à dire vers davantage de variété et d'ordre différencié) de manière à créer toutes les formes de vie existantes sur terre?
• Pourquoi cette cellule (l’œuf) devient-elle un embryon, puis un bébé (c'est à dire un système de plus en plus structuré et ordonné) ?
• Si tout système physique tend vers un état d'équilibre homogène et un minimum d'énergie utilisable, pourquoi un adulte peut développer plus d'énergie mécanique qu'un bébé ? La croissance d'un être vivant (au moins jusqu'à l'âge adulte) peut être décrit comme l'évolution d'un système physique qui tend vers un maximum d'énergie utilisable (et non un minimum). 
• Pourquoi un être humain ou un mammifère peut développer plus d'énergie mécanique qu'une amibe ou un protozoaire ? L'évolution des espèces est une évolution qui tend vers un maximum d'ordre différencié (et donc un minimum d'entropie)

De manière générale, pourquoi les systèmes vivants tendent-ils spontanément vers davantage de complexité, de structuration et de différenciation alors que les systèmes physiques tendent spontanément vers davantage d'homogénéité, de désordre moléculaire et un minimum d'énergie ?

Voici donc l'objet du scandale aux yeux des physiciens et des biologistes:

Alors que les êtres vivants sont constitués des mêmes particules que les systèmes dits "physiques", l'apparition de la vie, la naissance, la croissance et le développement des individus ainsi que l'évolution des espèces semblent suivre une loi contraire à la loi d'accroissement de l'entropie.

Pourquoi la principale loi d'évolution de la biologie (l'évolution des espèces) produit-elle des résultats inverses de la principale loi d'évolution de la physique (croissance de l'entropie) ?
L'une crée l'ordre, engendre la vie, crée de nouvelles structures, génère de la variété et de la complexité, tandis que l'autre est associée au désordre, à l'inertie, à l'homogénéité, à l'indifférenciation...

Une première réponse est que ce paradoxe n'est qu'apparent car la loi d'accroissement de l'entropie est une loi statistique globale qui ne vaut que pour des systèmes fermés.

Elle n'interdit pas une diminution locale de l'entropie au prix d'un accroissement plus important dans le reste de l'univers.
Or, un être vivant (par exemple, une cellule), est par définition un système ouvert, qui échange en permanence de l'énergie avec son environnement. On peut d'ailleurs vérifier que n'importe quelle organisme biologique, aussi efficace et économe soit-il, consomme de l'énergie et produit de l'entropie.

Mais dans ce cas, en quoi la thermodynamique, la science qui décrit les échanges d'énergie entre systèmes, ne parvient-elle pas expliquer le fonctionnement d'une cellule ou la vie ? D'où vient cette apparente incompatibilité ? Quel est le chaînon manquant qui nous empêche de réconcilier ces deux sciences (physique et biologie) ? La conséquence s'impose: il doit exister d'autres lois, encore inconnues...

Le mystère reste donc entier: ni la physique classique, ni la thermodynamique ne semblaient donc capables d'expliquer, ou même d'émettre une hypothèse raisonnable, quant à l'apparition des êtres vivants ou leur évolution, même locale, dans le sens d'une décroissance d'entropie...
Enfin c'est ce qu'on va voir...